本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引
主演：阿波罗：寺島拓篤,头翅：森川智之,强·杰洛姆·乔鲁巧：飛田展男,苏菲亚·布兰：玉川砂記子,不动司令：石塚運昇,李俊：阪口大助,鸫·罗森麦亚：日笠山亜美,丽娜·卢恩：佐藤裕美,红丽花：小林沙苗
